InDesign uses Perl-compatible regular expressions (pcre). Getting a Unicode character into the replacement string is done by \x{XXXX} where XXXX is the hexadecimal character code:

2\x{2009}$5

But in general you can replace by any character you can type. Just put actual thin spaces into your search-and-replace dialog:

3 $5

You can use your OS's utilities to grab the thin space from the list of available characters, for Windows it's the "Character Map" tool, where the thin space can be found in the "General Punctuation" Unicode sub-range. Searching for "thin space" works as well. MacOS has the "Character Viewer", which can do the same thing.

Adapted from Semplice, following link from here.

[^\x00-\x80] matches any character not in the ASCII range.
Note that some of the characters may not be encoded correctly from the copy and paste.

var latin_map = {"Á":"A","Ă":"A","Ắ":"A","Ặ":"A","Ằ":"A","Ẳ":"A","Ẵ":"A","Ǎ":"A","Â":"A","Ấ":"A","Ậ":"A","Ầ":"A","Ẩ":"A","Ẫ":"A","Ä":"A","Ǟ":"A","Ȧ":"A","Ǡ":"A","Ạ":"A","Ȁ":"A","À":"A","Ả":"A","Ȃ":"A","Ā":"A","Ą":"A","Å":"A","Ǻ":"A","Ḁ":"A","Ⱥ":"A","Ã":"A","Ꜳ":"AA","Æ":"AE","Ǽ":"AE","Ǣ":"AE","Ꜵ":"AO","Ꜷ":"AU","Ꜹ":"AV","Ꜻ":"AV","Ꜽ":"AY","Ḃ":"B","Ḅ":"B","Ɓ":"B","Ḇ":"B","Ƀ":"B","Ƃ":"B","Ć":"C","Č":"C","Ç":"C","Ḉ":"C","Ĉ":"C","Ċ":"C","Ƈ":"C","Ȼ":"C","Ď":"D","Ḑ":"D","Ḓ":"D","Ḋ":"D","Ḍ":"D","Ɗ":"D","Ḏ":"D","Dz":"D","Dž":"D","Đ":"D","Ƌ":"D","DZ":"DZ","DŽ":"DZ","É":"E","Ĕ":"E","Ě":"E","Ȩ":"E","Ḝ":"E","Ê":"E","Ế":"E","Ệ":"E","Ề":"E","Ể":"E","Ễ":"E","Ḙ":"E","Ë":"E","Ė":"E","Ẹ":"E","Ȅ":"E","È":"E","Ẻ":"E","Ȇ":"E","Ē":"E","Ḗ":"E","Ḕ":"E","Ę":"E","Ɇ":"E","Ẽ":"E","Ḛ":"E","Ꝫ":"ET","Ḟ":"F","Ƒ":"F","Ǵ":"G","Ğ":"G","Ǧ":"G","Ģ":"G","Ĝ":"G","Ġ":"G","Ɠ":"G","Ḡ":"G","Ǥ":"G","Ḫ":"H","Ȟ":"H","Ḩ":"H","Ĥ":"H","Ⱨ":"H","Ḧ":"H","Ḣ":"H","Ḥ":"H","Ħ":"H","Í":"I","Ĭ":"I","Ǐ":"I","Î":"I","Ï":"I","Ḯ":"I","İ":"I","Ị":"I","Ȉ":"I","Ì":"I","Ỉ":"I","Ȋ":"I","Ī":"I","Į":"I","Ɨ":"I","Ĩ":"I","Ḭ":"I","Ꝺ":"D","Ꝼ":"F","Ᵹ":"G","Ꞃ":"R","Ꞅ":"S","Ꞇ":"T","Ꝭ":"IS","Ĵ":"J","Ɉ":"J","Ḱ":"K","Ǩ":"K","Ķ":"K","Ⱪ":"K","Ꝃ":"K","Ḳ":"K","Ƙ":"K","Ḵ":"K","Ꝁ":"K","Ꝅ":"K","Ĺ":"L","Ƚ":"L","Ľ":"L","Ļ":"L","Ḽ":"L","Ḷ":"L","Ḹ":"L","Ⱡ":"L","Ꝉ":"L","Ḻ":"L","Ŀ":"L","Ɫ":"L","Lj":"L","Ł":"L","LJ":"LJ","Ḿ":"M","Ṁ":"M","Ṃ":"M","Ɱ":"M","Ń":"N","Ň":"N","Ņ":"N","Ṋ":"N","Ṅ":"N","Ṇ":"N","Ǹ":"N","Ɲ":"N","Ṉ":"N","Ƞ":"N","Nj":"N","Ñ":"N","NJ":"NJ","Ó":"O","Ŏ":"O","Ǒ":"O","Ô":"O","Ố":"O","Ộ":"O","Ồ":"O","Ổ":"O","Ỗ":"O","Ö":"O","Ȫ":"O","Ȯ":"O","Ȱ":"O","Ọ":"O","Ő":"O","Ȍ":"O","Ò":"O","Ỏ":"O","Ơ":"O","Ớ":"O","Ợ":"O","Ờ":"O","Ở":"O","Ỡ":"O","Ȏ":"O","Ꝋ":"O","Ꝍ":"O","Ō":"O","Ṓ":"O","Ṑ":"O","Ɵ":"O","Ǫ":"O","Ǭ":"O","Ø":"O","Ǿ":"O","Õ":"O","Ṍ":"O","Ṏ":"O","Ȭ":"O","Ƣ":"OI","Ꝏ":"OO","Ɛ":"E","Ɔ":"O","Ȣ":"OU","Ṕ":"P","Ṗ":"P","Ꝓ":"P","Ƥ":"P","Ꝕ":"P","Ᵽ":"P","Ꝑ":"P","Ꝙ":"Q","Ꝗ":"Q","Ŕ":"R","Ř":"R","Ŗ":"R","Ṙ":"R","Ṛ":"R","Ṝ":"R","Ȑ":"R","Ȓ":"R","Ṟ":"R","Ɍ":"R","Ɽ":"R","Ꜿ":"C","Ǝ":"E","Ś":"S","Ṥ":"S","Š":"S","Ṧ":"S","Ş":"S","Ŝ":"S","Ș":"S","Ṡ":"S","Ṣ":"S","Ṩ":"S","Ť":"T","Ţ":"T","Ṱ":"T","Ț":"T","Ⱦ":"T","Ṫ":"T","Ṭ":"T","Ƭ":"T","Ṯ":"T","Ʈ":"T","Ŧ":"T","Ɐ":"A","Ꞁ":"L","Ɯ":"M","Ʌ":"V","Ꜩ":"TZ","Ú":"U","Ŭ":"U","Ǔ":"U","Û":"U","Ṷ":"U","Ü":"U","Ǘ":"U","Ǚ":"U","Ǜ":"U","Ǖ":"U","Ṳ":"U","Ụ":"U","Ű":"U","Ȕ":"U","Ù":"U","Ủ":"U","Ư":"U","Ứ":"U","Ự":"U","Ừ":"U","Ử":"U","Ữ":"U","Ȗ":"U","Ū":"U","Ṻ":"U","Ų":"U","Ů":"U","Ũ":"U","Ṹ":"U","Ṵ":"U","Ꝟ":"V","Ṿ":"V","Ʋ":"V","Ṽ":"V","Ꝡ":"VY","Ẃ":"W","Ŵ":"W","Ẅ":"W","Ẇ":"W","Ẉ":"W","Ẁ":"W","Ⱳ":"W","Ẍ":"X","Ẋ":"X","Ý":"Y","Ŷ":"Y","Ÿ":"Y","Ẏ":"Y","Ỵ":"Y","Ỳ":"Y","Ƴ":"Y","Ỷ":"Y","Ỿ":"Y","Ȳ":"Y","Ɏ":"Y","Ỹ":"Y","Ź":"Z","Ž":"Z","Ẑ":"Z","Ⱬ":"Z","Ż":"Z","Ẓ":"Z","Ȥ":"Z","Ẕ":"Z","Ƶ":"Z","IJ":"IJ","Œ":"OE","ᴀ":"A","ᴁ":"AE","ʙ":"B","ᴃ":"B","ᴄ":"C","ᴅ":"D","ᴇ":"E","ꜰ":"F","ɢ":"G","ʛ":"G","ʜ":"H","ɪ":"I","ʁ":"R","ᴊ":"J","ᴋ":"K","ʟ":"L","ᴌ":"L","ᴍ":"M","ɴ":"N","ᴏ":"O","ɶ":"OE","ᴐ":"O","ᴕ":"OU","ᴘ":"P","ʀ":"R","ᴎ":"N","ᴙ":"R","ꜱ":"S","ᴛ":"T","ⱻ":"E","ᴚ":"R","ᴜ":"U","ᴠ":"V","ᴡ":"W","ʏ":"Y","ᴢ":"Z","á":"a","ă":"a","ắ":"a","ặ":"a","ằ":"a","ẳ":"a","ẵ":"a","ǎ":"a","â":"a","ấ":"a","ậ":"a","ầ":"a","ẩ":"a","ẫ":"a","ä":"a","ǟ":"a","ȧ":"a","ǡ":"a","ạ":"a","ȁ":"a","à":"a","ả":"a","ȃ":"a","ā":"a","ą":"a","ᶏ":"a","ẚ":"a","å":"a","ǻ":"a","ḁ":"a","ⱥ":"a","ã":"a","ꜳ":"aa","æ":"ae","ǽ":"ae","ǣ":"ae","ꜵ":"ao","ꜷ":"au","ꜹ":"av","ꜻ":"av","ꜽ":"ay","ḃ":"b","ḅ":"b","ɓ":"b","ḇ":"b","ᵬ":"b","ᶀ":"b","ƀ":"b","ƃ":"b","ɵ":"o","ć":"c","č":"c","ç":"c","ḉ":"c","ĉ":"c","ɕ":"c","ċ":"c","ƈ":"c","ȼ":"c","ď":"d","ḑ":"d","ḓ":"d","ȡ":"d","ḋ":"d","ḍ":"d","ɗ":"d","ᶑ":"d","ḏ":"d","ᵭ":"d","ᶁ":"d","đ":"d","ɖ":"d","ƌ":"d","ı":"i","ȷ":"j","ɟ":"j","ʄ":"j","dz":"dz","dž":"dz","é":"e","ĕ":"e","ě":"e","ȩ":"e","ḝ":"e","ê":"e","ế":"e","ệ":"e","ề":"e","ể":"e","ễ":"e","ḙ":"e","ë":"e","ė":"e","ẹ":"e","ȅ":"e","è":"e","ẻ":"e","ȇ":"e","ē":"e","ḗ":"e","ḕ":"e","ⱸ":"e","ę":"e","ᶒ":"e","ɇ":"e","ẽ":"e","ḛ":"e","ꝫ":"et","ḟ":"f","ƒ":"f","ᵮ":"f","ᶂ":"f","ǵ":"g","ğ":"g","ǧ":"g","ģ":"g","ĝ":"g","ġ":"g","ɠ":"g","ḡ":"g","ᶃ":"g","ǥ":"g","ḫ":"h","ȟ":"h","ḩ":"h","ĥ":"h","ⱨ":"h","ḧ":"h","ḣ":"h","ḥ":"h","ɦ":"h","ẖ":"h","ħ":"h","ƕ":"hv","í":"i","ĭ":"i","ǐ":"i","î":"i","ï":"i","ḯ":"i","ị":"i","ȉ":"i","ì":"i","ỉ":"i","ȋ":"i","ī":"i","į":"i","ᶖ":"i","ɨ":"i","ĩ":"i","ḭ":"i","ꝺ":"d","ꝼ":"f","ᵹ":"g","ꞃ":"r","ꞅ":"s","ꞇ":"t","ꝭ":"is","ǰ":"j","ĵ":"j","ʝ":"j","ɉ":"j","ḱ":"k","ǩ":"k","ķ":"k","ⱪ":"k","ꝃ":"k","ḳ":"k","ƙ":"k","ḵ":"k","ᶄ":"k","ꝁ":"k","ꝅ":"k","ĺ":"l","ƚ":"l","ɬ":"l","ľ":"l","ļ":"l","ḽ":"l","ȴ":"l","ḷ":"l","ḹ":"l","ⱡ":"l","ꝉ":"l","ḻ":"l","ŀ":"l","ɫ":"l","ᶅ":"l","ɭ":"l","ł":"l","lj":"lj","ſ":"s","ẜ":"s","ẛ":"s","ẝ":"s","ḿ":"m","ṁ":"m","ṃ":"m","ɱ":"m","ᵯ":"m","ᶆ":"m","ń":"n","ň":"n","ņ":"n","ṋ":"n","ȵ":"n","ṅ":"n","ṇ":"n","ǹ":"n","ɲ":"n","ṉ":"n","ƞ":"n","ᵰ":"n","ᶇ":"n","ɳ":"n","ñ":"n","nj":"nj","ó":"o","ŏ":"o","ǒ":"o","ô":"o","ố":"o","ộ":"o","ồ":"o","ổ":"o","ỗ":"o","ö":"o","ȫ":"o","ȯ":"o","ȱ":"o","ọ":"o","ő":"o","ȍ":"o","ò":"o","ỏ":"o","ơ":"o","ớ":"o","ợ":"o","ờ":"o","ở":"o","ỡ":"o","ȏ":"o","ꝋ":"o","ꝍ":"o","ⱺ":"o","ō":"o","ṓ":"o","ṑ":"o","ǫ":"o","ǭ":"o","ø":"o","ǿ":"o","õ":"o","ṍ":"o","ṏ":"o","ȭ":"o","ƣ":"oi","ꝏ":"oo","ɛ":"e","ᶓ":"e","ɔ":"o","ᶗ":"o","ȣ":"ou","ṕ":"p","ṗ":"p","ꝓ":"p","ƥ":"p","ᵱ":"p","ᶈ":"p","ꝕ":"p","ᵽ":"p","ꝑ":"p","ꝙ":"q","ʠ":"q","ɋ":"q","ꝗ":"q","ŕ":"r","ř":"r","ŗ":"r","ṙ":"r","ṛ":"r","ṝ":"r","ȑ":"r","ɾ":"r","ᵳ":"r","ȓ":"r","ṟ":"r","ɼ":"r","ᵲ":"r","ᶉ":"r","ɍ":"r","ɽ":"r","ↄ":"c","ꜿ":"c","ɘ":"e","ɿ":"r","ś":"s","ṥ":"s","š":"s","ṧ":"s","ş":"s","ŝ":"s","ș":"s","ṡ":"s","ṣ":"s","ṩ":"s","ʂ":"s","ᵴ":"s","ᶊ":"s","ȿ":"s","ɡ":"g","ᴑ":"o","ᴓ":"o","ᴝ":"u","ť":"t","ţ":"t","ṱ":"t","ț":"t","ȶ":"t","ẗ":"t","ⱦ":"t","ṫ":"t","ṭ":"t","ƭ":"t","ṯ":"t","ᵵ":"t","ƫ":"t","ʈ":"t","ŧ":"t","ᵺ":"th","ɐ":"a","ᴂ":"ae","ǝ":"e","ᵷ":"g","ɥ":"h","ʮ":"h","ʯ":"h","ᴉ":"i","ʞ":"k","ꞁ":"l","ɯ":"m","ɰ":"m","ᴔ":"oe","ɹ":"r","ɻ":"r","ɺ":"r","ⱹ":"r","ʇ":"t","ʌ":"v","ʍ":"w","ʎ":"y","ꜩ":"tz","ú":"u","ŭ":"u","ǔ":"u","û":"u","ṷ":"u","ü":"u","ǘ":"u","ǚ":"u","ǜ":"u","ǖ":"u","ṳ":"u","ụ":"u","ű":"u","ȕ":"u","ù":"u","ủ":"u","ư":"u","ứ":"u","ự":"u","ừ":"u","ử":"u","ữ":"u","ȗ":"u","ū":"u","ṻ":"u","ų":"u","ᶙ":"u","ů":"u","ũ":"u","ṹ":"u","ṵ":"u","ᵫ":"ue","ꝸ":"um","ⱴ":"v","ꝟ":"v","ṿ":"v","ʋ":"v","ᶌ":"v","ⱱ":"v","ṽ":"v","ꝡ":"vy","ẃ":"w","ŵ":"w","ẅ":"w","ẇ":"w","ẉ":"w","ẁ":"w","ⱳ":"w","ẘ":"w","ẍ":"x","ẋ":"x","ᶍ":"x","ý":"y","ŷ":"y","ÿ":"y","ẏ":"y","ỵ":"y","ỳ":"y","ƴ":"y","ỷ":"y","ỿ":"y","ȳ":"y","ẙ":"y","ɏ":"y","ỹ":"y","ź":"z","ž":"z","ẑ":"z","ʑ":"z","ⱬ":"z","ż":"z","ẓ":"z","ȥ":"z","ẕ":"z","ᵶ":"z","ᶎ":"z","ʐ":"z","ƶ":"z","ɀ":"z","ff":"ff","ffi":"ffi","ffl":"ffl","fi":"fi","fl":"fl","ij":"ij","œ":"oe","st":"st","ₐ":"a","ₑ":"e","ᵢ":"i","ⱼ":"j","ₒ":"o","ᵣ":"r","ᵤ":"u","ᵥ":"v","ₓ":"x"};

function embolden( str, chr ){
    return str.replace( /[^\x00-\x80]/g,
        function (a) { 
            return chr == latin_map[a] ? '<b>' + a + '</b>' : a;
        } 
    );
}

embolden( 'ádám', 'a' );    // "<b>á</b>d<b>á</b>m"

Using String.Replace:

Use a simple String.Replace().

I've assumed that the only characters you want to remove are the ones you've mentioned in the question: � and you want to replace them by a normal space.

string text = "imp�ortant";
string cleaned = text.Replace('\u00ef', ' ')
        .Replace('\u00bf', ' ')
        .Replace('\u00bd', ' ');
// Returns 'imp   ortant'

Or using Regex.Replace:

string cleaned = Regex.Replace(text, "[\u00ef\u00bf\u00bd]", " ");
// Returns 'imp   ortant'

Try it out: Dotnet Fiddle

Remove the regular space that you have first in the pattern:

 str = str.replace(/[\u00A0\u1680​\u180e\u2000-\u2009\u200a​\u200b​\u202f\u205f​\u3000]/g,'');

1. Decode the string to Unicode. Assuming it's UTF-8-encoded:

   str.decode("utf-8")
   

2. Call the replace method and be sure to pass it a Unicode string as its first argument:

   str.decode("utf-8").replace(u"\u2022", "*")
   

3. Encode back to UTF-8, if needed:

   str.decode("utf-8").replace(u"\u2022", "*").encode("utf-8")
   

(Fortunately, Python 3 puts a stop to this mess. Step 3 should really only be performed just prior to I/O. Also, mind you that calling a string str shadows the built-in type str.)