I had a similar problem with the Teensy 3.5. I found that using the "Periodic Interrupt Timer (PIT)" let me generate interrupt every 300 ns. I imagine that with a Teensy 4.0, it must be possible to generate an interrupt every 100 ns. Here is the code which works for me on my Teensy 3.5, with comments in french and some references in the comments. I test the signal on an oscilloscope.

// ex00305_Timer_pit0_isr_rapide.ino
/*

FONCTIONNE TRES BIEN

Le signal n'est pas très stable, mais acceptable.
J'imagine que d'autres routines d'interruption perturbe la précision, comme la routine millis()

L'instruction suivante améliore la stabilité. visiblement.
NVIC_SET_PRIORITY(IRQ_PIT_CH0, 0);

Le but est de tester l'utilisation du Timer1 .c.f
/home/bg/Arduino/Teensy/Teensy_3_5_manual_K64P144M120SF5RM.pdf
Page 1083, Chapter 41 : "Periodic Interrupt Timer (PIT)"

Pour la gestion des timers PIT, c.f.
====================================
https://github.com/loglow/PITimer/blob/master/PITimer.cpp

********************************************************************************** */

#define PINOUT1 34
#define LEDRED  24
#define LEDYELLOW  25
#define LEDGREEN  26

volatile byte bEtat = 0;

void setup() {
    //============
    pinMode(PINOUT1, OUTPUT);
    digitalWriteFast(PINOUT1, HIGH);

    pinMode(33, OUTPUT);
    pinMode(34, OUTPUT);
    pinMode(LEDRED, OUTPUT);  digitalWriteFast(LEDRED, LOW);
    pinMode(LEDYELLOW, OUTPUT);  digitalWriteFast(LEDYELLOW, LOW);
    pinMode(LEDGREEN, OUTPUT);  digitalWriteFast(LEDGREEN, LOW);

    //if (SIM_SCGC6_PIT == 0b100000000000000000000000) digitalWriteFast(LEDYELLOW, HIGH);
    SIM_SCGC6 |= SIM_SCGC6_PIT; // C.f. page 317.  PIT Clock Gate Control   SIM_SCGC6_PIT == 0b100000000000000000000000

    // C.f. : /home/bg/.arduino15/packages/teensy/hardware/avr/1.58.1/cores/teensy3/kinetis.h
    // #define NVIC_ENABLE_IRQ(n) (*((volatile uint32_t *)0xE000E100 + ((n) >> 5)) = (1 << ((n) & 31)))
    // enable IRQ Interrupt
    NVIC_SET_PRIORITY(IRQ_PIT_CH0, 0); // Haute priorité, pour ne pas être perturbé par d'autres interrupt. Amélioration visible !
    NVIC_ENABLE_IRQ(IRQ_PIT_CH0);
    PIT_TCTRL0 = 3; // 0b011;  // enable Timer 0 interrupts ; start Timer 0   IRQ_PIT_CH0 == 48  Dans #elif defined(__MK64FX512__)
    //if (IRQ_PIT_CH0 == 48) digitalWriteFast(LEDGREEN,  HIGH);

    // Efface le flag du timer, pour permettre d'autres interruptions, nécessaire au départ
    PIT_TFLG0 = 1;

    // L'ordre des instruction a de l'importance !
    //""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
    PIT_MCR = 0;  // turn on PIT
    //PIT_LDVAL0 = 600-1;  // == 10 micro secondes setup timer 0 for xxx cycles Fréqu = 60 MHz  dt = 16.666 ns
    //PIT_LDVAL0 = 120-1;  // == 2 micros second
    //PIT_LDVAL0 = 60-1;   // == 1 micros second
    //PIT_LDVAL0 = 30-1;   // == 500 ns
    //PIT_LDVAL0 = 24-1;   // == 400 ns
    //PIT_LDVAL0 = 21-1;   // == 350 ns
    //PIT_LDVAL0 = 20-1;   // == 333 ns
    //PIT_LDVAL0 = 18-1;   // == 300 ns
    PIT_LDVAL0 = 120-1;
} // setup

void loop() {
    //===========
} // loop

void pit0_isr() {  // C.f. mk20dx128.c
    //===============
    // J'espère pouvoir gérer un temps

    // Efface le flag du timer, pour permettre d'autres interruptions
    // Doit être mis en début de routine !!!
    PIT_TFLG0 = 1;

    if (bEtat) {
        digitalWriteFast(PINOUT1, HIGH);
        //digitalWriteFast(LEDRED,  HIGH);
        bEtat = 0;
    }
    else {
        bEtat = 1;
        digitalWriteFast(PINOUT1, LOW);
        //digitalWriteFast(LEDRED,  LOW);
    }

} // pit0_isr