The difference is in the second argument. The second argument to substring is the index to stop at (but not include), but the second argument to substr is the maximum length to return.

Links?

https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/JavaScript/Reference/Global_Objects/String/substr

https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/JavaScript/Reference/Global_Objects/String/substring

Resumiendo las diferencias:

String.prototype.substr() no está estrictamente obsoleto, pero no se recomienda su uso ya que puede dar resultados inconsistentes.

String.prototype.substring() devuelve un subconjunto de un objeto String.

String.prototype.slice() extrae una sección de una cadena y devuelve una cadena nueva.

slice() funciona como substring()con algunos comportamientos diferentes.

Syntaxis: string.slice(inicio, fin);
Syntaxis: string.substring(inicio, fin);

Lo que tienen en común:

• Si inicio es igual fin: devuelve una cadena vacía.
• Si fin se omite: extrae caracteres hasta el final de la cadena.
• Si cualquiera de los argumentos es mayor que la longitud de la cadena, se utilizará en su lugar la longitud de la cadena.

Distinciones de :substring()

• Si inicio > fin, entonces substring intercambiará esos 2 argumentos.

• Si cualquiera de los argumentos es negativo o lo es NaN, se trata como si lo fuera 0.

Distinciones de :slice()

• Si inicio > fin, slice() devolverá la cadena vacía. ("").

• Si inicio es negativo: se establece el resultado desde el final de la cadena, exactamente como substr() en Firefox. Este comportamiento se observa tanto en Firefox como en IE.

• Si inicio es negativo: se establece fin en: string.length – Math.abs(fin)(valor original), excepto limitado a 0 (por lo tanto Math.max(0, string.length + fin)) como se cubre en la especificación ECMA .

Fuente: Rudimentary Art of Programming & Development: Javascript: substr() v.s. substring()

Luego para el problema que estas resolviendo (agrupar por comas de 3 en 3), creo que la función match es mas adecuada para el trabajo:

String.prototype.match() se usa para obtener todas las ocurrencias de una expresión regular dentro de una cadena.

En el siguiente código se ve como funciona:

function groupByCommas3(n) {
    let s = reverse(`${n}`).match(/.{1,3}/g);
    return reverse(s.join(','))
}
function reverse(cadena) {
    return cadena.split('').reverse().join('')
}

console.log(groupByCommas3(35235235));
console.log(groupByCommas3(1000000));

esa es toda la información que te puedo dar sobre extracción de cadenas, saludos.